1,、投資大。通過(guò)以上對(duì)基質(zhì)栽培式魚(yú)菜共生系統(tǒng)的成本收益分析,，系統(tǒng)初始投資金額巨大,，要達(dá)到 106.8 萬(wàn)元，這不是普通的中國(guó)農(nóng)民能夠負(fù)擔(dān)的,。而且,，在大規(guī)模的投入資金之后，并不會(huì)在短期內(nèi)就立刻見(jiàn)到回報(bào),。
2,、技術(shù)難。魚(yú)菜共生系統(tǒng)是一個(gè)閉環(huán)的生產(chǎn)系統(tǒng),，不存在害蟲(chóng)和雜草,，不使用肥料和農(nóng)藥，它的良好運(yùn)轉(zhuǎn)主要是依賴(lài)于系統(tǒng)中的魚(yú),、微生物和蔬菜三者之間的平衡,。要想達(dá)到這個(gè)目標(biāo)，就要求系統(tǒng)的操作者要對(duì)動(dòng)植物學(xué)和生物學(xué)有一定的了解,，要具備相關(guān)專(zhuān)業(yè)知識(shí),。而這樣的高要求顯然是高于當(dāng)前我國(guó)農(nóng)民的基本素質(zhì)的。
3,、風(fēng)險(xiǎn)高,。在系統(tǒng)開(kāi)始自循環(huán)之后，還有一個(gè)最大的風(fēng)險(xiǎn)就是系統(tǒng)的不確定性,。因?yàn)檎麄€(gè)系統(tǒng)是一個(gè)相互影響的整體,，所以其中有任何一個(gè)環(huán)節(jié)出現(xiàn)問(wèn)題，都會(huì)導(dǎo)致整個(gè)系統(tǒng)的癱瘓崩潰,，進(jìn)而出現(xiàn)無(wú)法挽回的毀滅性后果,。
想要發(fā)展魚(yú)菜共生系統(tǒng),，就要克服系統(tǒng)在技術(shù)和管理方面的難題。采用專(zhuān)家講解,、現(xiàn)場(chǎng)演示等形式來(lái)進(jìn)行開(kāi)展這些培訓(xùn),，進(jìn)而助推魚(yú)菜共生系統(tǒng)的發(fā)展。